Nějaká taková šílenost:
Dictionary <String, int[][]> matice = new Dictionary<String, int[][]>();
s tím, že klíč bude název matice.Novou matici bys pak vytvořil třeba:
matice.Add("A", new int[5][5]);
PS: Možná tam mam syntaktické chyby, píšu z paměti.