vsak index pola zacina od "0", vsak?
cize spravne malo byt

hodnoty[0][0] = 20; 
hodnoty[0][1] = -3.78;

btw, preco mas taku zalubu v anonymnych poliach? mne sa daleko viacej paci normalny objektovy pristup:

var hodnoty = new Array();
hodnoty[0] = new Array(20, -3.78);

ako odoberat prvky pola:

var pole = new Array(1,2,3,4,5);
pole.shift() //odobere prvy prvok pola
pole.pop() // odobere posledny prvok pola

pridat prvky do pola zas pomocou

pole.unshift(nejaka_hodnota) // prida na zaciatok pola
pole.push(nejaka_hodnota) // prida na koniec pola