Napadá mě tato souvislost:
Pokud použiji starší bootovací CD DOSu z doby, kdy neexistovaly SATA mechaniky, boot se v SATA mechanice nezdaří, protože v bootimage, vytvořeném ze sytémové diskety DOSu schází ovladače pro SATA mechaniku. Samozřejmě že z IDE mechaniky se boot zdaří, protože bootimage obsahuje ovladače pro IDE mechaniku. Naopak to bude patrně to stejný,ale nezkoušel jsem to. Když nejsou ovladače, není žádnej boot.Nevím, jaké ovladače zrovna používá boot CD Ubuntu, ale problém bych hledal v tomhle.Pokud používáš mechaniku SATA, zkus to v IDE mechanice a naopak.
Že to funguje v Oracle VM VB je možný, protože je to emulátor.

//EDIT
A může být taky problém v použití RW média