Když budou všechny stránky mít index nula kromě jedné, tak ty s nulou budou mít přece stále v pořadí přednost. Kolik těch stránek celkem máš, že je problém si je očíslovat?

Jinak ti můžu prozradit, že v šabloně menu budeš mít příkaz wp_list_pages, kterému můžeš nastavit argument sort_column a tím ovlivnit výchozí řazení (např. podle data vložení, podle ID stránky, podle ID autora, abecedně podle názvu, atd...
http://codex.wordpress.org/Function_Reference/wp_l ist_pages