Mno, mám pocit, že z RTC si pecko bere čas pouze při bootu, následně používá jako "generátor" patřičně vydělený kmitočet FSB. Každá deska (empiricky zjištěno) má FSB jinačí v rozmezí až desítek (stovek) kHz, tudíž to nikdy přesně jít nemůže. Řekl bych, že máš spíš problém se synchronizací s timeserverem.