Tak jsem trochu pátral a zjistil, že to s největší pravděpodobností souvisí s instalací IE9 nebo možná s některou ze 4 aktualizací, které to po mně při instalaci IE9 chtělo nejdřív nainstalovat a které jsem vlastně instaloval o den dřív než samotný IE9.
Pomocí Obnovení systému jsem se vrátil v čase, sice mně to vrátilo zpátky IE8, ale miniaplikace už zůstavají pořád zobrazeny při zobrazení plochy.