Z toho menu vyhodíš pozicování a uložíš ho jako menu.php
Pak v souborech kde má menu být (třeba index.php) uděláš <div>, který může mít pozici atd. a menu includuješ do něj

<div>
<?php
include "menu.php";
?>
</div>

Ale třeba jsem nepochopil co vlastně potřebuješ. To, co možná chceš, je "aby se stránka ani nehla" a načetl se pouze jiný obsah po kliknutí v menu. To by ti splňoval například web v rámcích. Ale rámce mají plno nevýhod. Z mého pohledu dvě největší (ale těch závažných bude okolo možná deseti):
- nejdou dávat odkazy
- pokud na web někdo vleze odjinud než z hlavní strany (třeba z vyhledávače), nemá menu