Tak pokud jsi si 100% jistý, že je čistý, pak to bude na softwarové stránce (typicky se hw sám nepoškodí, aby vydával horší zvuky) což muže být:

a) nataktovanou grafikou
b) jiná politika používání powermanageru - tzn frekvence CPU, treba jsi jel do ted na novy profil
c) smyčka
c2) smyčka s béčkem - tzn máš tam něco jako automatické prizpusobení výkou a něco Ti tam ve smyčce běží, nějakej hloupej script, nějakej blbej výpočet kterej to vytezuje či tam běží něco, co ten výkon fakt potřebuje (Oracle třeba)
d) špatné ovladače, speciálně na grafice mohou mít tento efekt. Pokud neni dobrý ovladač, bere se hrubě výkon, co to dá protože to nelze optimalizivat instrukčníma setama dané karty.

začal bych tím, že bych se podival na vytížení CPU a disků. Tzn jestli je to tim, že PC něco dělá (nemusí být na první pohled vidět, pokud to má nízkou prirotu) a nebo jestli je problem nekde jinde.