Ty dvě minuty při POSTech bude asi čekání na legacy USB - vypnout v BIOSu. Zkus nastavit boot priority pouze na systémový disk (ostatní položky /CD, LAN, USB,.../ disabled), hadrům přiřaď všechny režimy "auto". To, co popisuješ, jsem párkrát viděl u disků, které nebyly tak ouplně košer - vadné clustery a "červený" SMART. Zkus disky odpojit a nechat na kšandě pouze systémový, jak se to bude chovat.