Pomocou Avisynth - urobíš s videom čokoľvek ! Je free a nájdeš ho tu: www.avisynth.org

Cez script si spravíš aj to čo chceš Ty...
Napríklad som to skúšal takto:

clip1 = avisource("C:\mask.avi").ConvertToRGB32() //video s bielou farbou - pozadim
clip2 = avisource("C:\plaz1.avi").ConvertToRGB32() // video, ktorým nahradím bielu farbu
myavi = blankclip(clip1).Loop(1800) // vytvorim svoj klip v dlzke 1800 frames
myavi = Layer(myavi, clip2, "add", 255, 0,0) // spravim vrstvu
clip1 = ColorKeyMask(clip1,$ffffff,100) //nastavim bielu farbu ako masku
layer(myavi,clip1,"add",255,0,0) //vytvorim hotovy klip

Script otvoriš napr. vo VirtualDubMod a dáš uložiť video - hotovo !

Toto je len náčrt, ako sa to dá urobiť - preštuduj si scripty na stránke, čo som písal hore !

Na editáciu scriptov môžeš použiť obyč.textový editor a uložíš ich s príponou *.avs