Už jsem to vyřešila 
Příkaz
fopFactory.setUserConfig(fConf); musí být před Fop fop = fopFactory.newFop(MimeConstants.MIME_PDF, out);.Už jsem to vyřešila 
Příkaz
fopFactory.setUserConfig(fConf); musí být před Fop fop = fopFactory.newFop(MimeConstants.MIME_PDF, out);.