Budeš mať 2 smerníky - jeden do vstupného reťazca a druhý do výstupného reťazca. Najprv skontroluješ, či sú na vstupe opakujúce sa skupiny znakov. Ak áno, tak si zvýšiš interné počítadlo a posunieš sa na vstupe o tú skupinu znakov ďalej. Ak nie, tak prekopíruješ znak zo vstupu na výstup a posunieš oba smerníky o jeden znak ďalej. Predtým ale nezabudneš vypísať počet v internom počítadle (a vynulovať ho), ak je nenulové.

#include <stdio.h>
#include <string.h>
#define MAX 4096

int main(int argc, char* argv[])
{
	char input[MAX], output[MAX];
	int n, cnt = 0;
	char *in = input, *out = output, *end;
	printf("Zadajte retazec: ");
	fgets(input, MAX, stdin);
	printf("Zadajte cislo 1-9: ");
	while (scanf("%d", &n) != 1);
	end = in + strlen(input);
	while (in <= end) {
		if (in <= end - 2 * n && strncmp(in, in + n, n) == 0) {
			++cnt;
			in += n;
			continue;
		}
		if (cnt) {
			out += sprintf(out, "%d", cnt);
			cnt = 0;
		}
		*out++ = *in++;
	}
	puts(output);
	return 0;
}