Díky moc, opravdu je to tímto:

Inac problem tam mas ten, ze
in = input
je pred
input = argv[2];
co je samozrejme zle, in=input musi byt az potom.

#include <stdio.h>
#include <string.h>
#define MAX 4096

int main(int argc, char* argv[])
{
	char *input, output[MAX];
	int n, cnt = 0;
	input = argv[2];
	char *in = input, *out = output, *end;

    n = atoi(argv[1]);
	end = in + strlen(input);
	while (in <= end) {
		if (in <= end - 2 * n && strncmp(in, in + n, n) == 0) {
			++cnt;
			in += n;
			continue;
		}
		if (cnt) {
			out += sprintf(out, "%d", cnt);
			cnt = 0;
		}
		*out++ = *in++;
	}
	puts(output);
	return 0;
	}

Jestli bych mohl poprosit ještě o jednu věc, potřeboval bych poradit jak (okomentovat), jednotlivé řádky programu, nemyslím to, jak se dělají komentáře, ale obsah koméntáře, aby to bylo srozumitelné i pro neznalé programování? Prože absolutne nevim, jak nejake veci popsat, aby to otec, který se chce učit programovat pochopil...