Nepoznam program super ale skusal si VirtualDub s MOD pluginom? Link na mod plugin je napr. tu http://www.videohelp.com/tools/Virtualdub(tam mas "Download MOV Virtualdub import plugin here.")
Vyhoda virtualdubu moze byt v tom ze to nebude rekompresovat ak nastavis direct stream copy u video a audio, a save as avi. Ak je to vobec mozne dat ten povodny sposob kompresie do avi kontajneru.