Takže toto pravidlo by mělo být rozumným kompromisem (pro případ, že by tam server lomítko nepřidal)?
RewriteRule ^shop/?$ shop/index.php [L,QSA]

nebo myslíš, že je výhodnější ta Tvá původní úprava?
RewriteRule ^shop/$. shop/index.php [L,QSA]

Ty parametry QSA tam asi teda nechám. Přijmi mé upřímné díky za pomoc, jestli bude zítra chvilka času, zkusím to testnout.