Za to zrejme nemôže WYSIWYG editor, ale zapnuté magic_quotes na serveri. O tom, čo to je a ako to vypnúť si môžeš prečítať tu: http://php.net/manual/en/security.magicquotes.php.
Pár pripomienok:
1. Je to WYSIWYG (What You See Is What You Get: čo vidíš, to dostaneš) editor, nie WYCIWYG (What You Cache Is What You Get).
2. Kód v textaree by som HTML-kódoval pomocou htmlspecialchars.