Otázkou zůstává, co jsi smazal. Pokud jsi měl spuštěné ty Windows, kde jsi měl data, tak složku Windows, Program Files ani Documents And Settings normálně vymazat nejde, snad jen poškodit systém. Pravděpodobně jsi pouze zeditovat boot.ini. Je to tak?

PS: Nepíšeš jaká Windows, takže předpokládám XP.