Mať na osobitnom oddieli system a programy nemá zmysel. Spomalí to beh operačného systemu z dovodu potreby neustále načítavať a zapisovať do dvoch "Master File Table" namiesto jednej, pri diskových operáciach.
Napríklad vždy keď nabieha aplikácia, načítavajú sa jednak súbory aplikácie ale tiež systémové knižnice dll. Nehovoriac o tom že hlavičky disku sa musia presúvať po dlhšej dráhe, nad medzi sebou viac vzdialené oblasti.

Nie je to smrtiaca chyba, no je to vec zbytočne komplikujúca prácu systému.