Když už teda někdo vyhrabal 3 roky starý dotaz, napíšu, jak bych to řešil já:

program Irfanview (v češtině, freeware).
menu Obrázek - Vytvořit panoramatický obrázek
Nastavit směr vertikální, vybrat horní část, dolní část a program obrázky automaticky spojí v jeden obrázek. Nejsou potřeba žádné vrstvy, celé to je práce maximálně na minutu.