InnoDB má navyše oproti MyIASM cudzie kľúče. Naopak v InnoDB nie je možné využívať fulltext. Podľa toho na čo ideš databázu využiť sa musíš rozhodnúť sám. Takýchto rozdielov je viac, ale pokiaľ robíš niečo jednoduché, máš to v podstate jedno. Osobne by som sa priklonil k InnoDB, nakoľko fultextové hľadanie nie je dokonalé a cudzie kľúče sa zídu viac.