Snad raději restartuj počítač než explorer, i když to jde taky. Kdyby nepomohlo, nějaké postupy jsou tady:
http://superuser.com/questions/35058/folders-open- in-new-windows-when-set-to-use-same-window
http://www.sevenforums.com/tutorials/14562-open-ea ch-folder-same-own-separate-new-window.html