Děkuji za odpověď. Pravděpodobně to takto lze, ale našel jsem mnohem jednodušší řešení, takže případně pro ostatní:
Jde o to, že aby se nastavení provedené v neprivilegovaném účtu uložilo, tak je třeba přihlásit se pod účtem Správce a tam disablovat UAC (posuvník/táhlo zcela dole). Restartovat a v neprivilegovaném účtu provést potřebná nastavení Vizuálních efektů, uložit nastavení a opět pod účtem Správce znova aktivovat UAC.