Uloží se to tam, kam to máš nastavené. Já mám třeba na Ploše adresář (složku) skype, a nastavené to mám do ní a nemusím nikde nic hledat/listovat/spouštět... a když jsem přijímal soubor, ptalo se to kam to má uložit a od té doby to tam nabízí stále. V nastavení jsem to však nenašel. Skype 3.8.
Přeci se tě to při příjmu ptá. To už si to nepamatuješ? Tak si to dávej někam do "prijato-skype" a pak si to roztřiď.

edit:// Jo je vlastně možné, že ve Skype 6.1 či co teď je je to jinak.