program se snad musí do paměti odněkud načíst, případně si někam hrábne pro další komponenty. nebo ti dochází ramka a windows zaswapují. nebo během chodu programu uděláš nějakou akci s plochou/průzkumníkem/nabídkou start, a windows kvůli tomu všemu opět hrábne kam? na disk.
když tvrdíš že máš pomalý systém, už jsi kontroloval v jakém režimu ti jede disk? s biosem režim disku většinou nesouvisí, ve windows máš už 11 let správce zařízení.