Jednoduše:
IMAP: pošta zůstává na serveru, ty se na ni "koukáš". Výhody: můžeš použít i webové rozhraní na jiných PC, nezabírá ti v telefonu místo, stahuje se jen to, co označíš je stažení. Nevýhody: pro prohlížení staré pošty musíš být online

POP3: pošta se stahuje do klienta. Výhody: stará pošta je dostupná kdykoli. Nevýhody: objemově náročné, pokud není nastaveno jinak, pošta je po stažení ze serveru smazána.

Já osobně bych volil IMAP, jedná se o modernější a IMHO výhodnější protokol.

U seznamu je třeba jej ale nejprve v nastaveních povolit. Dále pak stačí nastavit imap.seznam.cz, port 993 (pro SSL), pro odesílání pak smtp.seznam.cz (port 25) - vyžaduje ověření uživ. jménem a heslem.