je opravdu disk se systémem zapojený jako první? primární řadič (ide0), disk jako master.
pokud jsou oba disky s primární partition, a ten druhý zapojíš před svůj systémový, pak se neochotě nastartovat ani moc nedivím (záleží i na biosu kam směruje bootování).
edit: ale spíš to bude jednodušší, jak píše překolega - blbě (stejně) nastavené jumpery a disky na stejném kabelu.