Takže:

Ze stránek stáhnout ImageMagick konkrétně verzi: ImageMagick-6.7.0-2-Q16-windows-dll.exe

Poté spustit v příkazovém řádku:

for /f %f in ('dir /b C:\_Temp\Zdroj') do "c:\Program Files\ImageMagick-6.7.0-Q16\composite" -watermark 25% C:\_Temp\logo.jpg %f C:\_Temp\Hotovo\%f

1) spustím to v adresáři: C:\_Temp\Zdroj> kde jsou nakopírovány všechny obrázky do kterých chci vložit vodoznak
2) "c:\Program Files\ImageMagick-6.7.0-Q16\composite" - tam kde je nainstalován ImageMagick
3) efekt: -watermark 25%
4) C:\_Temp\logo.jpg - kde je logo
5) %f - co budu modifikovat
6) C:\_Temp\Hotovo\%f - kam ulož upravený obrázek, název jako zdrojový soubor

Dokumentace k základním efektům je zde.