No tak to ti samozřejmě fungovat nemůže, když máš tenhle soubor v kořenovém adresáři a všechny ostatní ve /flash. Buď to nakopíruj do stejného adresáře, nebo si v tomhle souboru uprav cesty k ostatním souborům.

...
<script language="javascript" type="text/javascript" src="flash/swfobject.js" ></script>
...
var so = new SWFObject("flash/flashmp3player.swf", "player", "200", "200", "9"); // Location of swf file. You can change player width and height here (using pixels or percents).
so.addParam("quality", "high");
so.addVariable("content_path","mp3"); // Location of a folder with mp3 files (relative to php script).
so.addVariable("flash/color_path","default.xml"); // Location of xml file with color settings.
so.addVariable("flash/script_path","flashmp3player.php"); // Location of php script.
...