máš pravdu - od okamžiku přihlášení na vzdálený stroj jsi v jeho prostředí, proto autoit nic nezachytává.
šlo by třeba spáchat batku a dát jejího (minimalizovaného) zástupce na vzdálený pc do adresáře "po startu".
po přihlášení se batka vždy spustí, a otestuje jestli jsi připojený vzdáleně - v procesech přibude rdpclip.exe (koukám na xp). podle toho pak na vzdáleném pc sama něco vykoná.

@echo off
 REM test RDP
 tasklist | find "rdpclip.exe"
 if errorlevel 1 goto END
:RDP
 REM jsem prihlasen vzdalene a budu konat
 ...
:END