Ano, možné je vše. CCleaner je "dobrý sluha, ale zlý pán". Pokud v něm nastavíš nějaké superčištění, promazání registrů, stát se může lecos. Pokud ho necháš v "továrním nastavení", tak se nic špatného nestane (respektive za asi 6 let používání na cizích počítačích jsem se s tím nesetkal).
Hlavně si nemysli, že použiješ nějaký "čistící program" a budeš mít 5x rychlejší počítač.