InCtrl5 se dá s MSI použít tak, že se nejdřív spustí samotný InCtrl5, oskenuje si prostředí a vypne se. Pak se nainstaluje MSI a následne se spustí InCtrl5, který dokonče zbylé dva kroky analýzy.
Případně se dá pomocí speciálního programu aktivovat tlačítko GO, ale to už je vyšší dívčí.