Ad 1) Jestli není vidět nadetekovaná v BIOSu, je pravděpodobně po ní nebo po řadiči. Zkusil bych ji vykuchat ven a znovu zasunout (připojit). Pořadí bootu s tím nemá co dělat.
Ad 2) V tomto notesu jsou IDE zařízení (disk i DVD), položku SATA mode hledáš marně.
Ad 3) Těžko říct. Tipnul bych to na odcházející disk, popř. chaos s naselektováním HDD/DVD (master - slave) - odtud se možná odvíjí i problém s mechanikou. Disk na pozici "Third IDE master" je už sám o sobě podivnost (ale u nForce se nelze ničemu divit).