Spustim skype.exe (kdyz je ve stejnym adresari),
pockam, jestli se objevi okno s ClassName "tSkMainForm.UnicodeClass",
v nem najdu okno s ClassName "TLoginControl",
v nem najdu zaskrtavatka (maj ClassName "TTntCheckBox.UnicodeClass"),
a poslu do nich message "BM_SETCHECK" s parametrem "BST_UNCHECKED".
Stejnym zpusobem bych mohl i kouknout, jestli se objevi nejaky okno s otazkou na aktualizace, ale nikde tu nemam stary skype.

EDIT: http://nase.kotatka.cz/SpustSkype.exe