Takových programů jsou spousty, typicky se používají pro repackaging balíků (např. Repackager z AdminStudia), podobný tool má i Landesk - vše je samozřejmě placené.
ale tobě by IMHO měl stačit Process Monitor od Marka Russinoviche.
http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb 896645