Nejspíš tam zůstal visťáckej bootsector...
Nejjednodušší je nabootovat z cd nějaký live linux (např. Slax) a z konzole zadat
dd if=/dev/zero of=dev/sda bs=1M count=1
pro SATA disk nebodd if=/dev/zero of=dev/hda bs=1M count=1
pro IDE (PATA) disk.Tím se na začátek mbr zapíšou nuly a disk se chová jako úplně nový, nenaformátovaný.
Taky existují různé utilitky pro opravu mbr nebo "low-level format" (zerofill) - Google pomůže.