Ako vieš, že to je "nakonec tenhle problém"? Tvrdíš to len na základe svojho neurčitého pocitu, alebo ti to povedal priamo samotný autor toho programu? Ak je naozaj problém v tom, že si program kontroluje nejaký podpis toho XML súboru, tak to môžeš riešiť s autorom toho neznámeho programu.

Môj prvý tip by ale bol taký, že XML súbor upravuješ pomocou poznámkového bloku, ktorý pri ukladaní súboru pridáva aj BOM hlavičku, s ktorou má ten neznámy program problém. Overiť si to môžeš jednoducho: Stačí, že v súbore nezmeníš vôbec nič, iba ho dáš uložiť a spustíš ten neznámy program.

Ak bude problém len v BOM hlavičke, tak riešenie je jedoduché: Na úpravu XML súboru použi nejaký normálny textový editor, ako je napríklad PSPad, kde si môžeš nastaviť, či sa má súbor uložiť s alebo bez BOM hlavičky.