Ano. Vytvoříš si zástupce dosbox.exe s parametrem -conf ****.conf. A v souboru ****.conf si všechno potřebné nastavíš, viz nápověda DOSBoxu. Soubor *conf je (s přimhouřením očí, laicky) taková náhrada config.sys a autoexec.bat.

Musíš dodržet pravidla pro cesty (případně používat úvozovky), pokud nebudeš mít všechno v jednom adresáři. Např.: Cíl = "C:\Program Files\DOSBox-0.72\dosbox.exe" -conf "D:\ucetni programy\stereo\spusteni.conf"