Ano takto to je správně. Vyhodí to chybu o dvojíte referenci na třídu MojeTrida.
Tudíž pokud potřebujete používat MojeTrida a zároveň potřeba používat oba jmenné prostory, tak musíte u kontstrukce objektu určit ze kterého prostoru chcete vzít MojeTrida.

var obj = new JmennyProstor2.MojeTrida();