U mňa sa to chová normálne. Ak aplikácia pri vypnutí zaberá viac ako 75 % obrazovky, spustí sa maximalizovaná. V opačnom prípade sa otvorí okno s rovnakými rozmermi. Skúšal som to s Firefoxom.

Pozri si na askubuntu.com, čo k tomu píšu:
http://askubuntu.com/questions/35011/why-do-firefo x-4-and-evolution-always-open-maximized-in-unity
http://askubuntu.com/questions/45270/prevent-unity -from-auto-maximizing

Ak ti to nepomôže, tak z tých otázok sa môžeš ďalej preklikať na súvisiace otázky, možno tam nájdeš nejaké riešenie.