Tomu moc nerozumím, pokud používáš/te NetBeans IDE, tak tam přece do konzole stačí kliknout pravým tlačítkem a dát Clear (zkratka CTRL+L), nebo jde jako o vyčištění toho, co vypsal program v Javě přes System.out.println nebo podobné? Tak to asi nejde, to je prostě jako log, plní se postupně. Maximálně pokud pro výstup vizuálně udělat místo, tak zkusit x prázdných těch System.out.println.