V podstatě jste nenapsal to podstatné, ale předpokládejme, že se kontrola disku provádí při bootování OS, jedná se o systém Windows, systémový disk je C: a souborový systém je NTFS (vycházím ze soukromé statistiky obdobných dotazů)

V příkazovém řádku zkuste tyto příkazy:
CHKNTFS C: - zobrazí, zda je na disku naplánovaná kontrola
CHKNTFS /X C: - disk nebude kontrolován