převod fat32 na ntfs se dělá přímo ve windows, příkazem:

convert c: /fs:ntfs /x

na to nepotřebuješ špatně zálohovat.

volba "Zálohovat data" ti uložila jen nějaké default předvolené adresáře. pokud bys neničil souborový systém, po obnově dat by původní systém zůstal.
jestli jsi oddíl zformátoval, data ze zálohy máš teď uložená od počátku disku, tím jsi přepsal původní systém a není co obnovovat.