Jestli víš, které klíče to jsou, tak je smažeš normálně v regeditu. Jestli ti jde o porovnání a nalezení rozdílností, tak použij nějaký program, třeba Regshot.
http://www.nirmaltv.com/2009/08/25/backup-and-comp are-registry-with-regshot/
http://ctxadmtools.musumeci.com.ar/Registry_Compar e/RegistryCompare11.html