ahoj, no problém je v kódování. stačí si titule otevřít v libovolném pspadu a uložit jako středoevropský skript. já teda, když musím použiju subtitle workshop a ukládám titlu v podporovaném formátu - pak si avidemux dá říct.
http://www.google.cz/search?hl=cs&q=avidemux+vlo%C 5%BEen%C3%AD+titulk%C5%AF&lr=&aq=f&oq= řeší se to defakto furt. http://www.bastleni.eu/vypocetni-technika/55-titul ky-v-obraze

Převod .mkv do XviD ale Avidemux evidentně nezvládá,výsledkem je tekoucí obraz

mkv je kontejner, xvid je špatně řečeno formát videa.

Dám-li Video - Kopie tak nejde zvolit žádný filtr.

no jasně, filtrem měníš obraz (dáváš titule), takže nemůžeš kopírovat, video chceš měnit- musíš konvertovat.
-----
a ital ti to vyřešil jednoduchým způsobem.to je paráda