Podľa mňa je to tak špecifická a jednoduchá požiadavka, že najjednoduchšie bude napísať si taký nástroj sám. Určite niekto už niečo také naprogramoval, ale hľadať by som to nechcel. Ak by to mala byť aplikácia len pre Windows, tak najrýchlejšie sa to dá zbúchať vo Windows Forms.

Dalo by sa to spraviť aj ako jednoduchá HTML5 aplikácia - do jedného vstupného poľa zvolíš všetky súbory z jedného adresára a do druhého z druhého. Samotné zobrazovanie obrázkov sa vykonáva len na klientovi pomocou JavaScriptu. Najpomalšie na tom je zvolenie tých súborov - neviem ako sa to bude chovať pri veľkom počte. Následné zobrazovanie pomocou JavaScriptu je rýchle.

Ak by si mal k dispozícii server (napr. node.js je ideálny - ľahko sa inštaluje a používa), tak by nebolo treba ani vyberať súbory. Len by si spustil "node adresar1 adresar2" a v prehliadači by si si porovnal obrázky. Prípadne by sa to vyberanie súborov dalo obísť s použitím ActiveX, ale to by fungovalo iba v IE (v Chrome iba po spustení s nejakým špeciálnym parametrom).