Na SEO nemá doctype veľký vplyv. V prehliadačoch určuje najmä to, v akom móde sa bude stránka renderovať - či v quirks móde alebo štandardnom móde (alebo "skoro-štandardnom" móde). Doctype slúži najmä na validáciu dokumentu (definuje povolené elementy a atribúty), ale keďže prehliadače vedia, že zobrazujú HTML stránku, tak ho na validáciu nepotrebujú.
Prehliadače zvládajú dobre HTML 4.01, XHTML 1.0 a HTML5 doctype.
V súčasnosti by som používal HTML5 doctype:
<!DOCTYPE html>