spíš záleží jak špatně (viz tvůj problém) jsou ty dva systémy nainstalované.
- nesmí na sebe vidět, protože to je podmínka spuštění když kterýkoli z těch hdd odstraníš = můžeš ihned vyzkoušet. systém co nebyl nainstalován jako c:, při startu přepíše polovinu cest v registrech a pak se sekne. (toto řeší až vista a novější, že systém označí vždy jako c:)
- nebo programátoři nerespektují systémové proměnné, a aplikace cpou do "c:\program files", nejspíš tvůj případ. ovšem tvé druhé xp leží na nějakém d: apod. klidně je možné, že se ti firewall nebo nějaký jeho driver nainstaloval na disk do vedlejšího systému.

celý ten zmetek zformátuj. na discích potřebuješ systémové oddíly, na tom větším nech místo pro společná data, na která uvidí oba. do "c:\document & settings" nepatří žádné dokumenty. nikdy.
na druhém disku nech na konci místo třeba 100mb pro opravdový "boot manager":
- dva systémy se instalují pomocí různých boot managerů (xosl, os selector a jiné)
- systémy vidí jen společný datový disk, ale boot manager skrývá systémové disky.
- oba systémy nainstaluješ zvlášť, druhý disk je vždy odpojený.
- pak disky zapojíš, ale spustíš instalaci boot manageru, obvykle z cd. on už si udělá svou detekci.

od w7 už snad takové věci nejsou třeba.