1) je lhostejné jestli je systém na jednom oddílu a programy na druhém. takové rozdělení nemá vůbec žádný smysl, je funkční jen když existují oba oddíly se správnými písmeny najednou, protože záznamy v registrech pro druhý "programový" oddíl + doplňky aplikací v %commonfiles% nebo knihovny v %system32% vedou na první oddíl. závěr: '\windows' a '\program files' patří vždy na stejný oddíl.

2) kdybys systémy instaloval zvlášť = vždy při odpojeném druhém disku, musel bys pro společnou funkčnost použít nějaký boot manager třetí strany - xp to neumí. --- můžeš sem napsat jeho jméno?
dosáhl bys toho že obě windows by se ti hlásily jako c:, za chodu bys nikdy neviděl do druhých windows, a nikdy by se ti nemohla objevit tvoje hláška, že v cizím systému je už program nainstalován.

2a) psal jsem o tom, že systémy se instalují zvlášť, a společně přístupný mají jen oddíl s daty (dokumenty, filmy, mp3, fotky, ...). nepsal jsem nic o bokem instalovaných programech - ty viz 1) na žádný druhý oddíl nepatří.
jedinou výjimkou jsou hry - na systémovém disku zavazí, stejně jsou kradené, a je jedno jestli fungují nebo ne.

3) já se obávám, že ty máš dvoje nějak funkční windows, ale pokoušíš se instalovat aplikace jen 1x a používat je v obou systémech. a z poloviny to - jak vidíš - nefunguje.

jestli jsi to udělal viz 3), někam z toho zazálohuj data = filmy atd, vyčti si jaká jsi měl kde hesla.
pak celý ten bordel zformátuj.

nakonec se rozhodni: jestli nejsi ochotný nainstalovat dva systémy zvlášť tak jak jsem ti to předtím popsal, s externím boot managerem, navždy na to zapomeň.
pak ti zbývá instalovat jediný systém, a:
- buď ti bude stačit oddělit více uživatelů jejich vlastními účty,
- nebo si do toho systému nainstaluješ druhý virtuální systém pro oddělení aplikací.