no, nelehký úkol vzal na sebe jsi (TM Yoda)

ftp klient ve windows umí režim dávky (parametr -s:soubor.txt).

Viděl bych to tak, že budeš muset v prvním kroku stáhnout list aktuálních záloh, ty projít a vyselektovat z nich ty ke smazání, následně na základě předchozího vygenerovat další dávkový soubor s "mazacími" příkazy, ten následně spustit vůči ftp serveru.

Následně si vygeneruješ list se soubory k uploadu a opět pustíš vůči serveru.

Celé to algoritmicky není problém, spíše ale bych to řešil ve VBS, nabízí přece jen elegantnější a mocnější funkce nad proměnnými ("vykousat" z listu adresáře soubory ke smazání na základě části jejich jména nebude v BAT souboru zrovna elegantní - povede to na for cykly s nastavením custom oddělovače) než windowsovský shell.

edit: nedávno jsem tady shpy00novi psal jakýsi kus skriptu na zálohování, kde se pracovalo s částmi datového stringu - to lze použít i pro porovnávání dat (měsíce, dny).