pokud máš potřebu čistit pozůstatky po aplikacích, tak klidně:

%programdata% - složka allusers - dají se tam vymazat pozůstatky už nenainstal. aplikací
%appdata% (roaming), %LOCALAPPDATA% (lokálka)- tvůj uživ. programový adresář - akce to samé
%program files% - složky k nainstal. programům
%temp% - odkládací soubor - smazat klidně vše

dále si vyčisti kešky prohlížečů

popřípadě velmi staré body obnovy.
-----
v registry, pokud nemáš konkrétní problém nemusíš mazat nic.